公元1127年，南宋在临安（杭州）定都之后，建炎元年，加强了海防，在浙东路设十三砦兵，南宋建炎年间（1127年——1130年），就在大门岛、鹿西岛建立烽火台，设置寨台和战船，各岛之间都有烽火联络，自此海氛安定，海域渐平。

　　洞头海岛渔业发展历史悠久，自从有人类活动，就开始渔猎。至南宋建炎年间（1127年——1130年），张网作业开始在洞头发展。其时，温州已成为对外贸易主要港口，专设市舶司管理，作为温州港的门户，地位日重，发展渐快，居民纷纷由大陆来岛定居，形成了比较集中的村庄，其中以九厅、北岙、鹿西、黄岙、大门、后寮、三盘等地为主，这些地方现仍留当时建筑遗址多处。人们从事捕鱼、贸易活动，从九厅出土的银饰、银锭可见一斑。

　　同时，还在九亩丘、铁炉头一带开办了炼铁工场。南宋德佑二年（1276年）元兵攻破临安，右丞相兼枢密使陈宣中遁至温州青奥（今大门岛）达一月之久，尔后渠道去福州。元朝至正八年至二十五年（1348年——1365年），黄岩农民起义军首领方国珍曾一度以三盘诸岛（今洞头境）为根据地，袭击漕运，发展势力。后元将哈喇岱攻打温州，引兵船至大门，遇宋兵夺船5艘。

　　元代初期，洞头进一步发展，大陆人民不堪元统治者的压迫，纷纷来岛隐居，居民点有所扩大，同时，还建了庙宇，以供祭祀。后寮村曾出土过至元十三年铜钟一件，可惜这钟已在大办钢铁时化为炉渣。

　　自明朝洪武二年（1369年）始，倭寇就不断侵犯劫掠洞头岛居民，犯下累累罪行。至明洪武十八年（1385年），明朝政府因“倭寇扰边，徒海中居民，以虚其地”，洞头列岛居民被迫内迁，列岛被废弃。这是洞头海岛发展以来最重要的一次损失。后来戚继光平寇获胜，倭患稍平，又有人来洞头列岛居生。明洪武二十年（1387年），在状元岙岛沙角设岩，置烽堠；至明洪武二十一年（1393年），状元岙沙角设海防巡检，洞头成为温州沿海11巡检司之一。

　　清朝顺治十二年（1655年）始，郑成功挥师抗清，常有舟师攻至洞头的大、小门等岛；清顺治十五年（1658年），郑成功的舟师于农历十一月初攻下乐清磐石卫后，在大门、小门、大瞿等岛备战休整达7个月之久，并与翌年正月在此举行军事操练，大瞿岛就留有郑成功校场遗址。然后才挥师直指金陵（今南京）。清顺治十八年（1661年），清政府为镇压沿海地区的反清争斗，以“郑成功踞台湾掠沿海村坊”为名，颁布海禁，下令“撤海边三十里”。洞头列岛即在海禁范围之内，但洞头海岛居民抗拒之，不但停留在海岛，且海禁期间还有移民迁入。这也使洞头海岛的发展避免了一次重大损失。然清政府因洞头海岛人民抗拒之，便对洞头海岛实施经济封锁，并视洞头人民为贼，因此，洞头人民也付出巨大代价。至清康熙二十二年（1683年），郑克爽降清，清朝统一台湾，祖国统一，历时22年的海禁才得以解除。自此，洞头又逐步发展起来，在这大治之年，闽、浙沿海人民纷纷来岛定居，现洞头居民大多是这时期移民的后裔（见《玉环厅志》）。